Protein Sequence Analysis by In-Source Decay Using a Benchtop MALDI-TOF Mass Spectrometer

Os espectrômetros de massa MALDI-TOF são frequentemente usados para medição de peso molecular e identificação de proteínas. Para identificar proteínas usando um espectrômetro de massa, geralmente é necessária digestão tríptica para preparação; no entanto, se a proteína for isolada e purificada, através da detecção dos íons produzidos pela fragmentação dentro de uma fonte de íons (ISD, In-Source Decay), a análise de sequência de proteínas intactas pode ser realizada sem necessidade de digerir a proteína com tripsina.
Ao medir pesos moleculares de proteínas usando MALDI, normalmente são usados reagentes (matrizes) compreendendo ácido sinapínico; entretanto, ao realizar a análise de sequência por ISD, o 1,5-diaminonaftaleno (DAN) é usado como matriz. Ao realizar uma pesquisa no banco de dados usando os íons fragmentados produzidos pelo ISD, por ex. usando Mascot, as proteínas podem ser identificadas. Além disso, ao realizar uma pesquisa de homologia para informações de sequência de aminoácidos obtidas a partir das massas de íons de fragmentos, é possível inferir as proteínas que não foram comparadas com o banco de dados de proteínas.
Este artigo apresenta um exemplo de medição de pesos moleculares de proteínas e realização de análise de sequência de proteínas por ISD usando um espectrômetro de massa MALDI-TOF de bancada "MALDI-8020".

 

Fig. 1 Espectro de massa de uma pequena quantidade de proteína (albumina sérica bovina)

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